התיעוד המוקדם ביותר לעליית ראשוני קהילת הפרושים - בתו של רבי סעדיה תלמיד הגר"א
בשנות התק"ס (1800-10), ובפרט לקראת שנת תק"ע (1810), התחולל גל עלייה גדול של מאות יהודים לארץ-ישראל מליטא ופולין, באותה עת עלו ארצה עוד יותר יהודים מארצות ערב (ראו כאן ). מתוך גל עלייה זה נוצר "כולל הפרושים" אליו השתייכו עם עלייתם האשכנזים ה'מתנגדים' מבין העולים. המשתייכים לקהילה זו מוכרים יותר כעולים ב"עליית תלמידי הגר"א", אף שרק דמויות בודדות, אם כי מרכזיות, ממנהיגי הקהילה היו תלמידי הגר"א עצמו. מנהיגו ומייסדו של "כולל הפרושים" בא"י היה רבי מנחם מנדל משקלוב, מגדולי תלמידיו של הגר"א, אשר עלה לא"י בשנת תקס"ח (1808). עד לעלייתו השתייכו כלל העולים האשכנזים מליטא ורייסין ל"כולל רייסין" בטבריה שהיה אז בהנהגתו של רבי אברהם מקאליסק החסידי, מתלמידי המגיד ממעזריטש. כשהגיע רמ"מ לטבריה ואח"כ לצפת, הצטרפו אליו 'מתנגדים', מהם שעלו עוד לפניו, לייסוד כולל חדש עבור העולים ה'מתנגדים' - כולל " מדרש פרושים ". רבי ישראל משקלוב, שעלה אף הוא (הגיע לצפת בתשרי תק"ע, 1809), מספר בז